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Les firmicutes sont des bactéries Gram-positives. Elles sont classées en trois classes mais celles qui nous concernent sont les bacilles dont les lactobacilles. Les bactéries à Gram-positive répondent positivement à la coloration de Gram (mauve), cela veut dire qu'elles possèdent une paroi cellulaire. Elles possèdent une couche de peptidoglycane composant la paroi cellulaire, l'espace périplasmique et la membrane plasmique. La couche de peptidoglycane est très épaisse comparée à celle des bactérie Gram-négative. L'espace plasmique par contre est beaucoup plus étroit. Cet espace stocke les enzymes, les nutriments, les protéines... Il a aussi des fonctions dans le métabolisme et dans certaines étapes de la synthèse de protéine. Ce sont ces sortes de bactéries qui augmentent avec l'obésité. Les acides téichoïques permettent au peptidoglycane de s'attacher à la membrane.
Les bacteroidetes sont des bactéries Gram-négatives. Les bactéries à Gram-négative répondent négativement à la coloration de Gram (rose). Leur membrane externe est donc directement en contact avec le milieu extérieur. Cette membrane contient souvent du lipopolysaccharide* (LPS). L'espace périplasmique stocke des enzymes, des nutriments. Il a des fonctions dans certaines étapes de la synthèse des protéines et dans le métabolisme. Il contient une couche de peptidoglycane. Cette couche est mince comparée à celle des Gram positive. La membrane plasmique est la même que la membrane externe sauf sans le LPS. C'est cette couche qui contient l'ATP.
*LPS : c'est une toxine
